Vingt-six personnages sont disponibles dans le jeu, dont neuf font leur première apparition dans la série. Deception contient plusieurs nouveautés dans la série, comme des jeux d'échecs et de réflexion avec les personnages de MK et un mode en ligne. Le jeu de rôle (RPG) en mode Konquest fait son retour depuis Deadly Alliance, mais suit la vie de Shujinko, un guerrier qui est trompé par Onaga pour rechercher des artefacts afin de donner plus de pouvoirs à Onaga.
