Pendant l'absence de son ami Lumpy, Frogger apprend par sa petite amie Lily que le méchant crocodile Dr Wani menace Firefly Swamp. Il doit sauver son foyer en résolvant des énigmes, en collectant des pièces d'or et en évitant les dangers. En plus de courir et de sauter, Frogger peut également manipuler des objets avec sa langue. Le mode histoire solo du jeu comprend sept mondes et vingt-huit niveaux. Les niveaux de l'histoire peuvent également être joués dans un mode défi chronométré, et il existe un mode bataille multijoueur avec une variété de scénarios. Il est également possible de débloquer le jeu d'arcade Frogger original.