lors que différentes factions politiques tentent de prendre le pouvoir face à un empereur affaibli et humilié par des Américains, le Shinsengumi était une faction de guerriers d'élite chargée de faire régner l'ordre dans un Kyoto agité. Ce qui ne les empêchait pas d'assassiner à l'occasion certaines personnes. Notre héros, Sakamoto Ryōma (ancêtre de Kazuma Kiryû), se voit accusé à tort du meurtre d'un notable. Sa seule piste : le véritable assassin utilise une technique de sabre qui rappelle celle du Shinsengumi. N'écoutant que son talent au sabre, il parvient à entrer dans cette brigade afin de mener l'enquête. C'est à ce moment-là que le mystère s'épaissit...