Le jeu commence avec le commandant Darius qui reçoit un signal de détresse de la station 88, un établissement de recherche scientifique. Les deux marines de l'espace contrôlables sont envoyés à l'établissement dans un vaisseau de déploiement, où ils commencent à se frayer un chemin à travers chaque niveau de l'établissement, où ils affrontent des aliens, des défenses robotisées, et même Cthulhu, en cherchant à comprendre ce qui se passe. En cours de route, les deux marines de l'espace trouvent des survivants de l'établissement qu'ils peuvent sauver et mettre en sécurité. Lorsque les marines de l'espace atteignent le dernier étage, ils sont confrontés au Dr. Herzog, qui révèle qu'il est à l'origine des diverses horreurs que les marines de l'espace ont combattues jusqu'à ce point. Si l'un des marines de l'espace a bu des "élixirs" (la fonction de continuation dans le jeu), ou si le joueur a utilisé des codes de triche, le Dr. Herzog leur révèle que ces élixirs ont été conçus par lui-même et qu'ils contiennent des nanomachines qui tueront les personnages du joueur et le jeu se terminera avec la "mauvaise" fin. Si le joueur n'a pas utilisé d'élixirs avant de confronter le Dr. Herzog, celui-ci attaquera le joueur en tant que boss final du jeu où il se révèle être une créature similaire aux créatures combattues jusqu'à ce point. Lorsque les joueurs battent le Dr. Herzog, la "bonne" fin sera révélée avec les deux marines de l'espace évacuant l'établissement.
