Suite de la série Naval Ops de Koei, Warship Gunner 2 permet au joueur de prendre le contrôle d'énormes forces navales dans les années 1940, avec la possibilité non seulement d'utiliser des armes traditionnelles de l'époque, telles que d'énormes canons et canons de pont, mais aussi de technologie plus avancée telle que d'énormes lasers. Le joueur a la possibilité de choisir le navire qu'il souhaite utiliser, en utilisant les commandes analogiques pour viser les armes et déplacer la caméra de jeu pour voir davantage le champ de bataille, ainsi qu'en utilisant le d-pad pour diriger leurs navires. Ils peuvent également rechercher des technologies pour construire des armes plus grandes et de meilleure qualité et construire leurs propres navires personnalisés à partir de zéro avec plus de 1000 pièces personnalisables. Les joueurs peuvent utiliser n'importe quoi, des destroyers, des cuirassés, des croiseurs ainsi que des sous-marins pour détruire leurs ennemis et a également 100 missions à jouer.