Yuko Ahso était autrefois une lycéenne ordinaire. Ou du moins, sa vie était ordinaire. Son amie Reiko est sortie avec un Roi des Ténèbres nommé Rogles, et a disparu. Immédiatement, des monstres l'ont attaquée. Elle pensait qu'elle allait mourir à coup sûr, mais une épée mystique nommée Valis est apparue devant elle. En utilisant l'épée, Yuko s'est défendue contre les monstres, et a été transportée dans un pays étrange, où on lui a dit qu'elle était la guerrière Valis choisie et qu'elle devait vaincre Rogles, ou le monde humain et le monde des rêves seraient tous deux plongés dans le chaos. Valis : The Fantasm Soldier est un jeu de plateforme à défilement latéral. Yuko peut sauter et attaquer les ennemis avec son épée Valis, qui peut être améliorée et utilisée comme arme à distance en collectant des bonus trouvés dans les niveaux. Elle peut également trouver et utiliser des objets qui lui confèrent de puissantes attaques ou une invincibilité temporaire.