Dans U.N. Squadron, l'objectif est d'éliminer l'ennemi, qui s'est rassemblé autour de l'espace aérien allié de la "Zone 88", dans une série de scénarios basés sur des avions militaires. Vous choisissez l'un des trois pilotes, chacun ayant des capacités différentes en matière de réparation des dommages, de maniement des armes et de pilotage, et vous affrontez l'ennemi au cours d'une série de missions difficiles. Le joueur commence avec l'avion le plus faible, le F8E Crusader, qui ne peut être armé qu'avec une gamme d'armes très basiques. Mais en accomplissant diverses missions, il est possible d'amasser suffisamment d'argent pour acheter des meilleurs avions qui pourront être équipés d'armes plus puissantes.
