Accusés de trahison et soupçonnés d'avoir conspiré pour répandre le virus Syphon Filter dans le monde entier, les agents Gabe Logan et Lian Xing doivent désormais répondre de leurs actes. Ils devront donc fournir les preuves que leur ancien employeur, l'Agence, est à l'origine de cette machination tout en stoppant ceux qui possèdent toujours le virus. Mais avant de s'occuper du futur, ils devront faire face aux horreurs du passé... Incarnez Gabe Logan et Lian Xing - Découvrez la vérité sur leur passé et sur la génèse du projet Syphon Filter. Infiltrations, tirs en sniper, fusillades : vous devez faire face à toute sortes de situations de combat. Plusieurs mini-jeux vous permettent de perfectionner vos compétences. De nouvelles armes toujours plus perfectionnées, comme le détecteur de mines et le Steyr Aug, un fusil d'assault à lunettes infrarouge qui permet de voir et d'atteindre les cibles à travers les murs. Des missions bonus et un mode deux joueurs prolongent la durée de vie du jeu.
