Après avoir sauvé le Royaume Champignon, les frères Mario et Luigi s'accordent des vacances à Dinosaur Land. Alors qu'ils se reposent sur la plage, la Princesse Peach disparaît. Après des heures de recherche, ils tombent sur un ?uf géant dans la forêt. C'est alors qu'il éclot pour donner naissance à un petit dinosaure, Yoshi. Ce dernier prévient Mario et Luigi que ses amis dinosaures ont également été emprisonnés dans des ?ufs par des tortues maléfiques. Les deux frères s'aperçoivent assez vite qu'il doit certainement s'agir de Bowser et de ses Koopalings.