Spy vs. Spy propose une bataille indirecte entre deux espions rivaux qui se déplacent dans de nombreuses salles. Le but est de collecter des objets secrets et de les ranger dans une mallette puis de quitter l'immeuble avant l'adversaire ou avant la fin du compte à rebours. Chaque espion peut poser des pièges pour tuer son rival, lui faire perdre ses objets et lui infliger une pénalité de temps. Le joueur peut par exemple utiliser un seau d'eau coincé au-dessus d'une porte, un pistolet attaché à un meuble, une bombe artisanale ou encore un ressort géant. La quantité de chaque arme par espion est limitée et le jeu propose une parade pour chacun de ces pièges.
