Une organisation secrète appelée Fata Morgana développe une arme capable de tuer ou de blesser les deux tiers de la population mondiale. Un groupe supranational d'experts en combat du monde entier appelé Project Blue a été créé pour contrecarrer les agissements de Fata Morgana. Sonic Wings Special est un port amélioré et étendu d'Aero Fighters Special (Sonic Wings Limited au Japon), un shoot-'em-up à monnayeur avec défilement vertical. Le jeu original à pièces utilise des niveaux modifiés, des graphiques et de nombreuses caractéristiques d'Aero Fighters, Aero Fighters 2 et Aero Fighters 3.
