Silpheed sur Mega CD est une suite du shoot-em-up du même nom sur ordinateur personnel. Le gameplay est similaire : il s'agit essentiellement d'un jeu de tir en 2D avec des graphismes en 3D. Le titre utilise des vidéos pré-rendues pour les arrière-plans, et des graphiques polygonaux pour le vaisseau du joueur et les ennemis. L'histoire ici est typique pour un jeu de ce type. Le système informatique central qui contrôle le réseau de la galaxie a été piraté par des terroristes. Les terroristes utilisent l'ordinateur pour attaquer les planètes coloniales du système. Vous êtes le dernier recours de la Galaxy Union : vous devez vous frayer un chemin à travers 11 étapes pour atteindre la Terre et reprendre le contrôle de l'ordinateur.
