Jouable à 2 et proposant une représentation graphique proche des "Ganbare Goemon", Shounen Ninja Sasuke est un beat-them-all dans lequel de petits sprites se cognent joyeusement dans le Japon médiéval des ninja et samurai. Deux modes de jeu sont proposés : dans le premier, on dispose d'une histoire et on accède à des phases de dialogue et d'exploration (très limitées) entre les séquences de castagne. On peut alors également acheter des objets ou de l'équipement. Dans le second mode, seules les phases d'action sont présentes.
