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Saigo no Nindou sur Game Boy est un beat'em all vous permettant d'incarner un ninja. Dans ce jeu au scrolling horizontal, vous traversez les niveaux en découpant tous les ennemis se mettant en travers de votre route. Pour cela, vous disposez d'un katana et de plusieurs armes de jet (shurikens, bombes, grappin). Il est également possible de dédoubler l'avatar ou d'augmenter la portée de ses coups grâce à différents bonus récupérables au gré des niveaux. Ces derniers se terminent par un traditionnel boss.