Un mystérieux robot nommé King veut fonder une utopie pour les robots et n'hésite pas à employer la force pour ce faire. Il prend ainsi d'assaut le laboratoire du professeur Light, à qui il dérobe une centaine de disques d'information, et le musée de la robotique, où il s'empare de plusieurs robots très puissants pour renforcer son armée. Sans tarder, Megaman se lance à la poursuite du dangereux robot. De son côté, Bass, bien décidé à ne pas laisser King le surpasser, se joint à la lutte pour prouver, encore une fois, qu'il est le plus fort.
