Robo Aleste sur Mega-CD est un shoot'em up se déroulant dans le pays du soleil levant. L'histoire débute lorsque le clan Oda, ravagé par les seigneurs de guerre Chugoko, décide de prendre sa revanche grâce à une arme secrète. Le joueur dirige un robot de guerre dans ce shoot'em up où chaque niveau se ponctue par un affrontement face à un boss.
