Ratchet & Clank met en scène Ratchet, une créature extraterrestre à poils, et Clank, un petit robot ringard, qui partent à la recherche du capitaine Qwark pour sauver la galaxie. Chacun des niveaux du jeu est constitué d'immenses panoramas avec des bâtiments extrêmement détaillés visibles à tout moment. Cela signifie qu'un bâtiment à l'horizon n'est pas seulement une "toile de fond", Ratchet l'explorera certainement. Le jeu comprend un certain nombre de sous-jeux, comme une séquence de combat dans l'espace et un certain nombre de combats de tourelles. Le jeu compte plus de vingt niveaux et comprend autant de scènes coupées en temps réel qui racontent l'histoire. L'histoire n'est pas linéaire, ce qui oblige le joueur à retourner aux niveaux précédents pour remplir des objectifs et choisir entre plusieurs chemins. Il y a également une gamme conséquente d'armes, de gadgets et d'accessoires à trouver ou à acheter au fur et à mesure de la progression du jeu.