R-Type est un shoot them up à défilement horizontal. Il a apporté d'importantes innovations qui ont été reprises par d'autres jeux du genre : nnle module supplémentaire avec armes optionnelles, le « charge shot » ou « beam », tir à la puissance variable selon le temps de pression sur le bouton de tir. Combinaison de physique, d'ingénierie génétique et de magie noire, les Bydo furent créés par l'homme en 2501 comme arme biologique. Ils peuvent être définis par une forme d'onde, même s'ils possèdent une masse physique et une structure d'ADN en forme de double hélice identique à leur créateur. Ils furent placés dans des containers aussi grands que la Lune où ils continuaient d'évoluer. L'humanité tenta d'envoyer des milliers de Bydo à travers un trou dimensionnel contre une civilisation ennemie. Mais une anomalie apparut et les Bydo s'activèrent à l'intérieur du système solaire humain. Ils y firent des ravages jusqu'à ce qu'ils puissent, après 150 heures, être enfin éjectés vers l'autre dimension. L'humanité du XXVIe siècle semblait sauvée. Cependant les Bydo étaient toujours vivants et continuaient leur évolution dans la dimension parallèle. Après avoir erré pendant une éternité, ils réapparurent en 2163, 200 ans avant leur abandon, pour démontrer leur pouvoir contre la Terre. À l'intérieur de l'Empire Bydo, une plante de clonage fut découverte. Elle se trouvait dans une place abritée à l'intérieur d'un ordinateur gigantesque qui contrôle la planète elle-même. Ainsi, non seulement les Bydo sont capables de se reproduire en tant que forme de vie, mais ils parviennent aussi à produire massivement des systèmes armés mobiles. La dernière chance de l'humanité est d'envoyer le prototype R-9A, un chasseurs trans-dimensionnel équipé d'un nouvel ensemble d'armes qui pourraient avoir une chance de détruire les Bydo une fois pour toutes.
