R-Type Complete CD combine les parties I et II des versions japonaises PC Engine HuCard. Il ajoute également une musique remixée, des scènes coupées entièrement vocalisées, un combat de boss supplémentaire et quelques autres changements mineurs. Une race extraterrestre appelée Bydo attaque l'humanité sans pitié. Le prototype de chasseur spatial R-9 doit arrêter les Bydo et sauver la race humaine.
