Time Machie ni Onegai diffère de son prédécesseur en ayant ses propres modes de jeu uniques plutôt qu'en suivant strictement un format de jeu télévisé. Le mode Time Machine implique de voyager à différentes périodes et de répondre à des questions anecdotiques pour déclencher des événements célèbres (par exemple, Moïse créant un chemin à travers la Mer Rouge pour les Juifs, les belligérants de l'ère des Trois Royaumes s'abattant, pomme tombant sur la tête de Sir Isaac Newton, etc.). Les questions elles-mêmes, cependant, n'ont généralement rien à voir avec l'événement historique en question. Un autre mode dans le jeu s'appelle "Megaten Quest"; Cependant, ce n'est pas un quiz lié à Megami Tensei, mais plutôt une imitation d'un crawler de donjon à la première personne avec des ennemis apparaissant au hasard qui posent au joueur un certain nombre de questions sur divers thèmes. Le troisième mode suit le même format de quiz avec des questions correctement répondues menant à des solutions de puzzle, et est essentiellement la partie multijoueur du jeu. Dans tous les modes, la limite de temps est imposée pour tout le tour plutôt que pour des questions distinctes.