Dans Quake, le joueur (non nommé dans cette version) doit collecter quatre runes magiques pour accéder à Shub-Niggurath et le détruire. Il y a 38 niveaux, dont la plupart sont répartis sur quatre « épisodes » (d'autres, comme l'introduction et le niveau final, sont classés comme des niveaux en interne, mais ne sont pas inclus dans les épisodes), quatre d'entre eux étant des niveaux secrets. Comme dans les autres jeux de tir à la première personne de l'époque, il s'agit d'atteindre la fin d'un niveau en abattant des ennemis, en ramassant des clés, en résolvant des énigmes et en surmontant des segments de plate-forme.