Puzzle De Pon R sur Neo Geo est un puzzle-game dont l'objectif est identique à celui du précédent opus, à savoir faire disparaître une cible entourée de billes de couleur. Ce titre intègre de nouveaux niveaux et une bombe supplémentaire. L'objectif secondaire étant de faire un score honorable, le jeu comprend de nombreux bonus dont le "Million Shot" qui rapporte, une fois touché, un million de points.
