3ème opus de la série Puyo Puyo, le maléfique Dark Prince a fait augmenter la taille et la puissance du soleil dangereusement, et le monde de Puyo Puyo est sur le point d'être brûlé, à moins que vous ne l'empêchiez. Le jeu propose 3 campagnes distinctes, chacune vous opposant à différent d'ennemis que vous devez combattre à la façon Puyo Puyo : À chaque étape, vous affrontez un adversaire dans 2 zones de jeu différentes, une pour vous et l'autre pour l'adversaire. Lorsque les « puyos » commencent à tomber dans votre zone, vous devez les aligner et créer des groupes de la même couleur afin de nettoyer l'écran avant d'être submergé par les puyos. L'enchaînement de puyos de couleurs différentes vous permet d'envoyer plusieurs puyos « poubelles » dans la zone de jeu adverse dans l'espoir de l'inonder ou de ralentir sa progression. Celui qui bat le joueur adverse passe au challenger suivant.
