Le professeur Layton et son assistant Luke assistent au dévoilement d'une nouvelle invention appelée une machine à voyager dans le temps. Le Premier ministre de Londres est proposé comme sujet de test, mais la machine explose et il n'y a aucune trace de lui. Avec l'absence du Premier ministre, Londres est dans le chaos ! Peu de temps après ces événements, le duo de résolution d'énigmes reçoit une lettre, qui a apparemment été envoyée par le futur moi de Luke, déclarant que Londres a de sérieux problèmes. Le professeur et Luke suivent les instructions de la lettre, ce qui les mène à leur aventure la plus excitante à ce jour...