Pro Yakyuu est un jeu de baseball qui permet aux joueurs de concourir dans la ligue professionnelle de baseball du Japon, avec des noms d'équipe et de joueurs autorisés. Le mode Versus permet la compétition entre deux joueurs; dans une partie amicale, l'IA de l'ordinateur choisit un adversaire pour l'équipe sélectionnée par le joueur; le mode "Open" est un tournoi dans lequel les joueurs peuvent assigner des équipes contrôlables à eux-mêmes et à l'IA. Le jeu lui-même peut être réglé sur "Action", "Simulation", ou "Auto", avec un degré de réalisme variable. Les pichets et les batteurs sont contrôlés à partir d'une vue à la troisième personne, tandis que la vision de base est vue d'un point de vue aérien.