Pro Yakyuu Super fait suite à The Pro Yakyuu. Les mécaniques de jeu sont presque identiques à celles du prédécesseur. Avec les modes simulation et auto pour le tangage et le bâton, il y a maintenant un nouveau mode de «capture automatique». Les équipes licenciées de la ligue professionnelle de baseball japonaise ont été mises à jour pour la saison en cours. Les modes Versus, Open et Pennant reviennent, avec un mode «Dream», qui consiste en un jeu entre des joueurs All-Star contemporains et historiques.
