Bien que Pokémon Stadium 2 ait une histoire, vous pouvez progresser dans le jeu en remportant des coupes dans le stade et en terminant le Gym Leader Castle. Une fois toutes les coupes remportées et le Gym Leader Castle terminé, le rival du joueur apparaîtra. Vaincre le rival débloquera le Round 2, dans lequel le joueur devra à nouveau défier le stade, le Gym Leader Castle et le rival pour terminer le jeu. Mais ils ont des Pokémon différents et la difficulté est beaucoup plus élevée. Stade : le joueur commence par choisir 6 Pokémon différents. Il y a 250 Pokémon différents parmi lesquels choisir, y compris certains Pokémon légendaires. Les tournois Pokémon ont lieu dans le stade. Il y a quatre Coupes auxquelles participer. Chaque assaut comprend huit combats, et chacune des Coupes, à l'exception de la Petite Coupe et de la Première Coupe, comprend quatre tours, appelés Poké Balls, qui doivent être éliminés pour remporter cette Coupe.
