Vous débutez votre aventure à Bourg Palette où vous incarnez un jeune garçon. Après une dangereuse altercation avec des Pokémon sauvages, le Professeur Chen vous apprend à capturer des Pokémon et vous enseigne les rudiments pour devenir dresseur. Lors de votre voyage à travers la région de Kanto, vous devez capturer des Pokémon pour enregistrer leurs informations dans votre Pokédex, et il vous faudra devenir un dresseur pour les compétitions qui se tiennent dans les différentes arènes de la région. Une fois votre réputation de dresseur de Pokémon faite, ce sera le moment d'affronter le conseil des 4, un groupe de dresseurs d'élite qui mettront vos talents à l'épreuve.