Le premier Pokémon Stadium ne propose que 42 Pokémon jouables. Le jeu est principalement axé sur les combats. Au démarrage, le jeu demande au joueur s'il souhaite utiliser les Pokémon de sa cartouche Game Boy. Si ce n'est pas le cas, seul le mode Combat est accessible. Les modes du jeu sont les suivants : Le mode Combat, comme son nom l'indique, consiste en des combats entre Pokémon. Il existe deux types de combats : le combat libre et le tournoi. Le mode Organisation, dans lequel les joueurs transfèrent des Pokémon et des objets entre leur équipe Game Boy, leurs boîtes PC et les boîtes de stockage du Stadium. Le mode Liste, dans lequel les joueurs peuvent consulter la liste de leurs Pokémon pour voir leurs statistiques. Le mode Enregistrement, dans lequel le joueur enregistre une équipe de ses Pokémon pour le combat. Le mode Groupe, dans lequel le joueur examine son équipe actuelle. Le mode GB, dans lequel le jeu Pokémon Game Boy actuellement dans le Nintendo 64 Transfer Pak peut être joué sur la Nintendo 64.
