Le jeu a lieu au cours de l'été AW 1284, peu avant les événements de Phantasy Star II. Hugh Thompson ( ou Huey Reane)) est un chercheur en biologie à l'Université Motavia. Il a été invité par le président de l'Université à enquêter sur un incident impliquant une créature végétale écoénergétique qui erre sur le campus, se nourrissant de l'électricité et augmentant de taille de façon constante. Après que la créature soit propagée dans le réacteur du collège, menaçant de priver toute la ville de Kvarts de son électricité, Hugh s'efforce de l'arrêter. Cette aventure conduit finalement Hugh à adapter sa connaissance de l'anatomie des biomonsters au combat, à l'aide de Rolf de Phantasy Star II.
