Pandora Project - The Logic Master se déroule dans un futur lointain où la police ne peut lutter contre les robots maléfiques qui sèment le trouble dans la ville. C'est là qu'apparaît le personnage du joueur qui est un concepteur de robots et qui utilisera ses créations pour combattre les robots maléfiques. Le jeu consiste à concevoir ces robots à l'aide de l'éditeur de jeu, où le joueur peut choisir les actions et les différentes pensées que son robot utilisera dans les batailles. Après avoir conçu son robot, le joueur peut l'entraîner ou l'emmener combattre d'autres robots dans la bataille événementielle (mode histoire) ou dans la bataille contre un autre robot joueur.
