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Ninpu Sentai Harikenger est basé sur une série japonaise Sentai du même nom, également connu aux USA sous le nom de Power Rangers Ninja Storm, la suite de Hyakujuu Sentai GaoRanger. Vous commencez seulement avec un mode histoire et un mode de combat 1 contre 1 au début. Au fur et à mesure que votre progression,de nombreux autres modes deviennent disponibles. L'action en jeu est à peu près la même que celle de Hyakujuu Sentai GaoRanger, sauf que maintenant vous avez des mouvements spéciaux à la Street-Fighter que vous pouvez faire en plus des coups de poing et des coups de pied normaux. Dans GaoRanger, vous étiez limité à GaoRed. Dans Harikenger, vous pouvez choisir parmi les Harikengers rouges, bleus ou jaunes, et à certaines étapes, le Kabutoraijer, Kuwagataraijer, Shurikenger et, dans un mode spécial, un autre ranger d'une série précédente. Une fois le mode histoire de GaoRanger terminé,un mode survie sera présent.