Le tyran Benglar se sert de son pouvoir pour laver le cerveau de tous ses prisonniers, et il semble désormais invincible. Cependant, la Résistance a trouvé une nouvelle arme, des machines capables de penser et de combattre : les Ninjas Warriors. Dans le beat'em all The Ninja Warriors sur Mega-CD, le joueur peut choisir parmi 3 héros : Ninja, Kunoichi ou Kamaitachi. Chacun se joue différemment et possède une super-attaque personnelle.
