Goemon et ses amis sont de retour dans cette suite à défilement horizontal de Mystical Ninja Starring Goemon. Bismaru, qui ressemble à Ebisumaru, l'ami de Goemon, déguisé en nonne, a volé une machine à ramener les fantômes fraîchement inventée ! Avec elle, il prévoit rien de moins que la domination du monde. Tout ce qu'Ebisumaru voulait, c'était rencontrer son ancêtre, James Dean ! Aidez Goemon et ses amis à récupérer la machine et éliminez quelques fantômes en chemin. Mystical Ninja 2 revient au style traditionnel de jeu de plateforme 2D à défilement horizontal des jeux SNES. Cependant, grâce aux capacités 3D de la Nintendo 64, vous rencontrerez des boss gigantesques et des mondes détaillés tout au long de votre périple à travers le Japon. Pour attaquer, vous pouvez soit lancer des pièces, soit utiliser l'arme spécifique de chaque personnage, comme le tuyau emblématique de Goemon. Deux joueurs peuvent également jouer simultanément et coopérer pour vaincre leurs ennemis, et vous pouvez même monter à califourchon sur votre ami.
