Tous les personnages des trois premiers jeux Mortal Kombat reviennent pour l'ultime combat. Vous pouvez incarner Kano, Reptile, Mileena, Kung Lao, Shang Tsung, Sindel, Sketor, Stryker, Nightwolf, Sheeva, Kitana, Scorpion, Sonya, Smoke (Cyber Ninja), Rain, Jade, Baraka, Johnny Cage, Ermac, Noob Saibot, Sub-Zero (Unmasked), Sub-Zero (Classic), Jax, Rayden, Cyrax, Liu Kang, Smoke (Human), Kabal, Goro, Kintaro, Motaro ou Shao Kahn. Ce jeu est un combat martial en un contre un. Le joueur peut choisir parmi plus de trente personnages différents, chacun avec son propre style de combat et ses propres coups spéciaux. Trilogy se distingue des autres jeux en ce sens qu'il permet de jouer des combinaisons de personnages qui ne seraient pas possibles autrement, comme l'ancien Liu Kang contre le nouveau Liu Kang, etc.
