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Des milliers d'années avant les événements du premier jeu, Shinnok, l'un des Anciens Dieux qui contrôlent les six royaumes de l'univers de Mortal Kombat, tenta de conquérir tous les royaumes. Le dieu du tonnerre Raiden combattit et vainquit Shinnok dans une guerre qui dura plusieurs siècles, l'envoyant dans le Netherrealm, où il serait piégé pour toujours. Maintenant, Shinnok a réussi à s'échapper du Netherrealm avec l'aide du sorcier Quan Chi et cherche à se venger des Anciens Dieux qui l'ont banni. Dans son plan, il conquiert d'abord le royaume d'Edenia avec l'aide d'une traîtresse, Tanya, tout en préparant son attaque contre les Anciens Dieux. Pour contrer la menace de Shinnok, Raiden demande l'aide des guerriers de l'Earthrealm qui ont sauvé les royaumes de l'Empereur Shao Kahn dans les titres précédents.
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