Shao Kahn est sorti vainqueur du précédent Mortal Kombat. Le Royaume de la Terre n'est plus. Vous devrez dans Mortal Kombat 3, affronter à nouveau les poulains de Shang Tsung, ainsi qu'une redoutable adversaire, la Reine Sindel. De nouveaux mouvements et la possibilité de courir ont été ajoutés à cet opus qui clôt la trilogie sur Megadrive.