Le joueur incarne à nouveau le pilote Yuu Kajima, et l'identité du mystérieux MS bleu commence à être révélée. Le jeu est à nouveau divisé en cinq missions, chacune ayant des objectifs spécifiques tels que la destruction d'une cible particulière ou la défense d'une structure ou d'un personnage spécifique. L'histoire est racontée par le biais de communications radio pendant le jeu, et les objectifs peuvent changer au fur et à mesure que la mission progresse. Il n'y a toujours pas de chemin de l'histoire qui bifurquent ou de personnalisation de l'équipement, mais le joueur est classé à la fin de chaque mission, ce qui a un effet sur la fin du jeu. Les données de sauvegarde peuvent être reportées du premier jeu au troisième après avoir accompli toutes les missions.
