L'action se déroule pendant la guerre d'un an, peu après l'opération Odessa, e joueur contrôle Yuu Kajima, pilote de la Fédération Terrienne, qui, avec ses coéquipiers Philip Hughes et Summona Fulis, est envoyé en mission avec des Mobile Suits expérimentaux afin de collecter des données pour la production. L'équipe rencontre un mystérieux Mobile Suit bleu qui semble vouloir éradiquer l'équipe de Yuu et qui apparaît sans prévenir. Le jeu est divisé en cinq missions, chacune ayant des objectifs spécifiques tels que la destruction d'une cible particulière ou la défense d'une structure ou d'un personnage spécifique. Il n'y a pas des chemins de l'histoire qui bifurquent ou de personnalisation de l'équipement, mais le joueur est classé à la fin de chaque mission, ce qui a un effet sur la fin générale. Les données sauvegardées peuvent être reportées dans la suite du jeu.
