Dans Mizubaku Daibouken, vous incarnez Hipopo l'hippopotame qui doit s'aventurer dans un grand nombre de niveaux remplis d'ennemis à la recherche de sa petite amie disparue, tout en sauvant d'autres créatures semblables à des hippopotames. Le jeu comprend des plates-formes mobiles, des planchers qui peuvent s'effondrer, des bateaux, des roues à eau et des plantes que l'on peut arroser, ce qui les fait grandir et permet d'atteindre des plates-formes beaucoup plus hautes. Hipopo dispose de globes d'eau magiques qu'il peut lancer sur ses ennemis pour les geler. Une fois gelés, les ennemis peuvent être frappés et détruits complètement. S'ils restent inactifs pendant quelques secondes, les ennemis se dégèlent et poursuivent leurs activités. Tous les deux niveaux, il y a un boss qu'il faut vaincre pour passer au suivant.
