Vous êtes seul contre la méchante Mother Brain! A l'intérieur de Zèbes, la planète aux mille passages secrets et interminables, le Metroid se multiplie. Le Metroid, seul , est inoffensif. Mais entre les mains de Mother Brain, il peut détruire la galaxie. Portez votre costume spatial pour pouvoir absorber l'énergie nécessaire à votre quête de Pouvoirs tels les rayons de glace, les rayons ondulés, les bottes de saut et Varia. Procurez-vous ces pouvoirs spéciaux qui vous aideront à vaincre Mother Brain.
