Les quatre héros mythiques de la série (Marco, Tarma, Eri et Fio) sont de retour dans Metal Slug 5 sur Neo Geo. Ils traquent cette fois-ci une organisation du crime qui a dérobé les plans des prochains Metal Slug. Trois nouveaux guns, deux véhicules, et un nouveau mouvement qu'est le "slide" constituent les améliorations de ce cinquième épisode.