Missions Spéciales est une extension du jeu original Metal Gear Solid. On y trouve 300 missions en réalité virtuelle. Outre les missions classiques d'infiltration et de fusillades, on y trouve aussi des puzzles, des enquêtes et plein de situations improbables. Le but étant de dévoiler tout le potentiel du système du jeu original, sans pour autant proposer le moindre scénario.