MGS2 Substance est une réédition spéciale de Sons of Liberty sur PS2. Outre la possibilité de refaire le jeu en choisissant son personnage, il est proposé plus de 200 missions en réalité virtuelle. Celles-ci visent à exploiter les recoins du système de jeu tout en mettant les talents du joueur à l'épreuve. A cela s'ajoutent aussi diverses mini-missions inédites prenant place dans le jeu original, un jeu de skateboard aux couleurs de MGS2 et quelques autres bonus.