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Dans le futur, les gens ont construit la ville flottante Zeron, où les meilleurs scientifiques travaillent à la création d'androïdes, des êtres humains artificiels qui ont la même apparence que les vrais. Harvest Corporation est la plus grande entreprise qui crée des androïdes. Le héros du jeu est un scientifique nommé Wirg, le père du protagoniste du premier jeu. Son travail consiste à former les androïdes après leur création. Un jour, le bâtiment de l'entreprise est attaqué et Wirg doit s'enfuir. Il est sauvé par une nonne et amené dans une petite ville au milieu d'un terrain vague, où son aventure commence. Wirg et ses compagnons explorent un monde de haut en bas et combattent des ennemis aléatoires dans des combats au tour par tour en vue à la première personne. Les images des ennemis apparaissent en surimpression sur l'endroit où se trouvent les personnages, sans écran de combat séparé. Les villes ont une perspective isométrique.
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