Toujours volontaire pour sauver la planète, X est de nouveau envoyé au combat pour venir à bout de nouveaux robots Mavericks. Dans Mega Man Xtreme 2, il n'est cependant pas tout seul à se battre puisque Zero et Iris l'accompagnent. Ce jeu d'action plates-formes sur Gameboy Color introduit 8 robots ennemis inédits, tous s'inspirant d'animaux différents.
