Un scientifique Reploïde nommé Dr. Doppler commence à créer une nouvelle ville pour les Reploïdes, qui apportera une nouvelle ère de paix aux Reploïdes et aux humains. Mais quelque chose tourne mal et les Mavericks commencent à apparaître partout ! C'est à X et Zero de découvrir qui se cache derrière cette révolte des Mavericks et de les abattre pour de bon !
