Deux robots de l'espace s'écrasent sur Terre. Envoyé enquêter sur les lieux du crash, Mega Man découvre que le professeur Wily a déjà entrepris des fouilles. À la vue de son ennemi, le machiavélique savant fou prend la fuite, mais pas sans avoir auparavant récupéré l'énergie d'une des deux créatures extraterrestres. Avec cette énergie d'une puissance incomparable, baptisée Evil Energy (énergie maléfique), Wily compte construire une armée de robots que rien ne pourra arrêter. Mega Man s'apprête à prendre en chasse son ennemi juré lorsqu'il découvre le corps inanimé de l'autre robot de l'espace. Sur ordre du professeur Light, il décide de ramener l'androïde au laboratoire pour réparation.