Master Quest est essentiellement le même jeu que Ocarina of Time. Si l'aventure se déroule de la même manière (mêmes ennemis, objets, personnages), la différence réside dans la disposition des donjons. Ceux-ci ont été remixés, ce qui signifie que l'emplacement des objets et la progression dans les salles ont été modifiés. Ainsi, même si vous avez déjà joué à Ocarina of Time, Master Quest vous offre une nouvelle approche d'un décor familier.
