Link rentre en bateau vers Hyrule, mais une tempête coule son embarcation. Il s'échoue sur l'île Cocolint, où il doit trouver le Poisson-rêve, le seul être qui puisse l'aider à partir de cette île. Il s'avère que l'île et ses habitants ne sont qu'une illusion produite par le Poisson-rêve, endormi et enfermé dans un œuf géant posé sur le mont Tamaranch. Link doit le réveiller pour mettre fin à ces cauchemars. Durant le jeu, Link se déplace dans une carte du monde affichée en vue de dessus, mais explore également plusieurs donjons labyrinthiques pour la plupart souterrains afin de trouver les objets lui permettant d'avancer dans sa quête, qui consiste à trouver les huit instruments de musique des sirènes, qui vont lui permettre de réveiller le Poisson-rêve. La princesse Zelda, Ganon et la Triforce ne figurent pas dans cet épisode.